Die Nudeln nach Packungsangabe bissfest kochen. In der Zwischenzeit den Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vorheizen.
Den Kürbis, die Zucchini und die Paprika in kleine Würfel schneiden. Die Zwiebel und den Knoblauch fein hacken und in etwas Öl glasig anschwitzen. Anschließend das vorbereitete Gemüse hinzufügen und etwa fünf Minuten dünsten. Falls nötig, etwas Wasser dazugeben. Anschließend alles würzen, den Frischkäse unterrühren, den Käse in Würfel schneiden und unterheben.
Die Gemüsemischung mit den gekochten Nudeln vermengen und in eine eingefettete Auflaufform füllen. Zum Schluss mit geriebenem Käse bestreuen.
Den Auflauf im vorgeheizten Backofen etwa 20 Minuten backen, bis der Käse goldbraun überbacken ist.